@artelise, je ne sais pas si tu cherchais une réponse ou si tu avais "juste" besoin de râler.
Si c'est la deuxième option, courage ! 
Si c'est la première et que tu cherches des solutions, je te fais une liste de tout ce qui me passe par la tête, peut-être y aura-t-il un truc à tenter, même si j'imagine que tu as dû déjà penser à beaucoup de choses.
Déjà je rejoins Ayamé, une douche tous les jours n'est pas forcément nécessaire. Il peut les espacer comme elle le dit
Ou en prendre une un jour sur deux.
Sinon, aime-t-il les "rituels/habitudes" ? Il me semble que ça rassure souvent les personnes autistes (et pas qu'eux d'ailleurs, on a tous nos habitudes ^^). S'il a un emploi du temps relativement stable, a-t-il essayé de l'inclure dans l'emploi du temps de façon fixe. Comme ça pas de "surprise", ça fait partie du quotidien ?
Je pense aussi à l'explication de l'importance de l'hygiène, pourquoi c'est utile, enfin sans le faire flipper non plus bien sûr, le but ne serait pas de lui rajouter un stress supplémentaire.
S'il commence à être intéressé par les filles ou les garçons, peut-être que l'argument que les autres préfèrent en général les personnes qui sentent bon/sans odeur forte peut aider (bon là, ça peut toucher un point particulièrement sensible, donc suivant où il en est sur ce sujet, c'est pas forcément une bonne idée).
Et sinon en général, s'il est parfois/souvent dérangé par l'odeur des autres, peut-être le faire réfléchir là-dessus et se dire que ça va dans les deux sens, s'il apprécie que les autres n'aient pas d'odeur corporelle forte, c'est la même chose dans l'autre sens.
Et tu dis qu'il n'aime pas le contact de l'eau, mais sous toutes ses formes ou il y a des façons qui passent mieux ? (bain, douche, puissance du jet d'eau, la façon dont ça sort du pommeau, froid/tiède/chaud...) Pour essayer que ça devienne le moins désagréable/le plus agréable possible.
Trouver un savon/shampooing qu'il aime bien ? Avec ou sans parfum, solide, en gel, liquide...
Mettre un timer, 5 min sous la douche par exemple suffit amplement, comme ça il y a un temps fini pour l'activité.
Bon sinon, il y a toujours la carotte, mais a priori ça ne marche pas vu ce que tu dis. Mais peut-être la ritualiser aussi, genre à chaque fois que tu te douches, tu as le droit à un temps d'ordi, de jeu, une activité qu'il aime ou autre chose. Que ce soit quelque chose qu'il peut anticiper à chaque fois ?
Voilà pour les idées qui me passent par la tête, je ne sais pas si ça te sera utile, mais sait-on jamais. ^^